1.连接料的种类，溶剂型油墨用连接料的选择面比较宽，水性油墨常见的树脂体系基本都可以作为溶剂型连接料，比如聚氨酯、聚酰胺、硝化棉、丙烯酸等；而水性体系目前商业化的连接料产品仅仅局限于丙烯酸树脂以及少量的聚氨酯。这就从根本上决定了水性油墨使用树脂时在性能上没有那么大的可调节余地，只能依靠丙烯酸树脂本身的性能进行调整。
2.水性油墨体系是一个分散体，不是均一连续的体系，这是水性油墨在储存稳定性方面和溶剂型油墨存在差别的一个主要原因。
同时成膜的机理也会有差别，溶剂型油墨在溶剂挥发后会立即形成一个相对均一和致密的油墨层；而水性油墨在水挥发后，需要一定的时间让各个分散体相互靠近、相互作用后才能成膜，成膜需要一定的时间，这也是水性油墨在塑料承印物上即时牢度（又称为下机油墨牢度）不好的一个重要原因。
3.水性油墨体系需要在碱性条件下才能保持稳定，这就要添加不同种类的胺来调节体系的pH值。
4.水作为一种稀释剂，与溶剂型油墨使用的有机溶剂相比，水的比热容大，沸点高，挥发速度慢；在印刷的时候，同等干燥条件下，印刷速度没有溶剂型油墨快，而印刷速度慢，导致产能受到影响，直接影响印刷厂的经济效益。这是很多印刷厂不愿意转为使用水性油墨的一个重要原因。